Как я понял, параметр ordinaryapp = -1 добавлен для возможности вывода служебных сообщений 1С.
Текст из справки: Значение -1 может применяться в случаях, когда нужно прочитать лог работы 1С в режиме Предприятие в управляемом интерфейсе.

Т.е. я ожидаю, что это как раз для случая использования параметра запуска /Out <имя файла> [-NoTruncate]

Но данный параметр командной строки не работает в тонком клиенте (1cv8c.exe):
Установка файла для вывода служебных сообщений. Если задан параметр -NoTruncate (через пробел), файл не очищается (не используется в тонком клиенте). (https://its.1c.ru/db/v8323doc#bookmark:adm:TI000000820)

Предлагаю такое решение:

Если ТолстыйКлиент = Ложь Тогда
	Приложение = УправлениеКонфигуратором.ПутьКТонкомуКлиенту1С();
Иначе
	Приложение = УправлениеКонфигуратором.ПутьКПлатформе1С();
КонецЕсли;